Sisältö

• Ohjelmiston yleiskatsaus
• Tuetut tiedostotyypit
• Ensisijainen tiedostopääte
• Muut Integrated Genome Browserin käyttämät tiedostotunnisteet

Versio (6.9.2016 alkaen)	9
Platforms
lisenssi	Avoin lähdekoodi
Kategoria	tieteellinen

Lisätietoja (käy julkaisijan verkkosivustolla)

Arvostelu: 2.8 / 5 (6 ääntä)

Ohjelmiston yleiskatsaus

Pääpiirteet

• Tukee erilaisia ​​genomimuodoksia, kuten GenBank ja FASTA
• Ota yhteyttä tietojen ja zoomauksen animaatioiden kanssa
• Pääset ja ladataan genomeja QuickLoad-sivustoista
• Muunna tiedot eri kaavion muotoihin
• Jaa tietoja yhteistyökumppaneiden kanssa Dropboxin kautta
• Asenna laajennukset lisätoimintoja varten

Integroitu genomien selain (IGB) on avoimen lähdekoodin ohjelma, jota käytetään tarkastelemaan ja tutkimaan suuria genomi-aineistoja. Voit tarkastella erilaisia ​​tietomuotoja, olla vuorovaikutuksessa tietojen kanssa, luoda kaavioita, tallentaa tiedot kuviksi ja jakaa tietoja yhteistyössä.

IGB: n avulla voit tarkastella merkintöjä ja kohdistettuja sekvenssejä. Ohjelma tukee erilaisia ​​formaatteja, kuten FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband ja GenBank. Voit ottaa dataa ja muuntaa sen erilaisiksi kaavamuodoiksi, mukaan lukien epäsuhtauskäyrät, jotka osoittavat tietojen eroja ja syvyysgraafeja kattavuuden osoittamiseksi. Voit myös vuorovaikutuksessa tietojen kanssa IGB: n zoomaus- ja panorointi-animaatioiden avulla.

IGB: n avulla voit käyttää ja ladata genomeja QuickLoad-sivustoista, jotka ovat yksinkertaisia ​​hakemistojen, sekvenssien ja muiden datatiedostojen järjestelmiä visualisointitarkoituksiin. IGB tarjoaa lisäominaisuuksia plugin-tuen avulla toimintojen ja työnkulun automatisoinnin lisäämiseksi komentosarjojen avulla. IGB tarjoaa myös lisäominaisuuksia tietojen jakamiseen, julkaistaanko se laadukkaana JPEG-, PNG- tai SVG-kuvana tai tallentamalla tietoja Dropboxiin, jotta yhteistyökumppanisi voivat käyttää projektia.

IGB: tä käyttävät pääasiassa yliopiston tutkijat, biologit ja bioinformatiikka. Se tarjoaa kehittyneitä työkaluja erilaisten genomidatamuotojen avaamiseen, tietojen visualisoimiseen eri kaavioina ja tietojen jakamiseen yhteistyökumppaneiden kanssa. Valitettavasti ohjelma perustuu tukien jatkokehitykseen, mikä tarkoittaa, että hakemuksen tuki voi lopettaa milloin tahansa. Integrated Genome Browser on kuitenkin kykenevä, muokattavissa oleva ohjelma käyttäjille, jotka haluavat tutkia ja analysoida genomissa olevia tietoja.

Tuetut tiedostotyypit

Ensisijainen tiedostopääte

.XML - XML-tiedosto

Muut Integrated Genome Browserin käyttämät tiedostotunnisteet

Tuetut tiedostotyypit
.SÄNKY	UCSC BED -merkinnän seurantatiedosto
.DAS	DeltaMaster-analyysin istunto
.FA	FASTA-muotoinen sekvenssitiedosto
.FAS	FASTA-sekvenssitiedosto
.FASTA	FASTA-sekvenssitiedosto
.gb	GenBank-datatiedosto
.SGR	SGR-genomidatatiedosto
.USEQ	USeq-genomidatatiedosto